Прямо на лабораторном столе разворачиваются невероятные декорации, в которых оказывается маленький Тим и встречающиеся ему на пути бактерии-куклы. Вместе со своим другом Бактероидом Тим путешествует по миру микроорганизмов, попадает на рок-фестиваль бактерий, пище-перерабатывающий завод, на ферму «Двенадцатиперстная кишка», в фантастический розовый лес Тонкого кишечника, случайно проваливается в аппендикс, благополучно доезжает до мегаполиса бактерий и, наконец, выбирается из организма, собрав команду полезных бактерий.